За разлика од флората фауната во националниот парк многу малку е проучувана. Ова особено се однесува на безрбетниците чии број е сигурно многу голем и кој е карактеристичен за оваа планина која со своите особености условува појава на висок биодиверзитет. За разлика од безрбетниците, рбетниците се евидентирани и делумно проучени. Во националниот парк застапени се 171 вид на рбетници без риби , од кои 10 водоземци, 18 влекачи, 124 птици и 19 цицачи.

 За одбележување е присуството на дивата коза, рисот и мечката  од цицачите  кои се реткост во останатите делови на Европа и големиот и малиот корморан и пеликанот од птиците кои природно го населуваат Преспанското Езеро и островот Голем Град.

 Заради  врската со Охридското Езеро пообемни проучувања се направени во водениот екосистем на извориштето кај манастирот Св. Наум и констатирано е присуство на некои ретки видови во него.

 Во моментот не постојат целосни податоци за состојбата и големината на популациите на позначајните животински видови во НПГ, но генерално може да се каже дека истите се во добра состојбата. Исклучок е популацијата на Балканскиот рис кој по пауза од 20 години повторно е забележан на просторот, но неговата бројност е далеку под биолошкиот капацитет на просторот. Исто така, за повеќе видови птици постојат индикации дека нивните популации значително се намалени во однос на предходниот период. Ова особено се однесува на грабливите птици и мршојадците и истото се деложи на драстично намалениот сточен фонд на просторот.