Основна геолошка подлога на Галичица во најголем дел е од палеозојски метеморфни силикати, покриени со слој од масивни сунѓерести варовници дебел 500-550м. Ваквата геолошка структура и присуството на карстните геоморфолошки форми на планината и даваат изглед на планините од Динарскиот систем. На Галичица ги сретнуваме шкарпите, вртачите, увалите и карстните полиња (површински карстни форми), и пештерите и пропастите (подземни карстни форми).

Геолошката подлога и морфологијата на планината вршат големо влијание на зголемување на пејсажните и естетските вредности на паркот и претставуваат еден од условите за појава на високата биолошка разновидност и карактеристичност на живиот свет.

Водопропусливоста на варовничкиот слој ја направила Галичица една од најсушните планини во Македонија. Во нејзиниот планински дел се сретнуваат само неколку постојани извори, со многу мала издашност. Понекогаш во години со обилни снежни врнежи напролет се појавуваат извори кои во лето пресушуваат.

За разлика од планинскиот дел, крајбрежјето на Охридското Езеро е богато со извори. Нај карактеристично е извориштето кај манастирскиот комплекс Св. Наум.  Тоа претставува типична карсна хидролошка појава во вид на вруток.

Се состои од триесет подводни (сублакустрични) и петнаесет крајбрежни (лакустрични) извори, со вкупен капацитет од околу 7,5 метри кубни во секунда. Изворите формираат мал езерски базен со површина од 30 ха и најголема длабочина од 3,5 м. Во рамките на езерото создадени се два мали острови. Со последните испитувања на водите во изворите со помошна природни радиоизотопи потврдена е претпоставката дека дел од нив потекнуваат од Преспанското езеро, чие ниво е повисоко од  нивото на Охридското езеро,  за 150 м.

Покрај  геолошко-хидролошките особености извориштето се одликува со големо богатство на растителен и животински свет што ја зголемува неговата амбиентална вредност.

На самата граница на националниот парк во близина на Охрид се и Билјанините извори кои се едно од најпосетените места на крајбрежјето.