Климата во Охридско-Преспанскиот регион, а со тоа и на планината Галичица која ги дели овие две котлини е условена од неколку фактори што придонесуваат таа да биде различна од нејзиното пошироко опкружување. Засебното влијание на секој од овие фактори не е толку големо, но нивното взаемно дејство придонесува да се појави еден посебен вид на умерено-континентална клима. Ова го овозможуваат следниве фактори:

-     меридијанскиот правец на протегање на планината Галичица кој ја олеснува комуникација на воздушните маси во правецот север-југ, што овозможува на нејзините падини да се чувствува влијанието на медитеранот

-     релативно ниските планински превои во Албанија и близината на Јадранското и Јонското море, кои од Галичица се оддалечени 110 км  го овозможуваат продирањето на топлите морски струења

-     големата количина на вода во Охридското и Преспанското езеро која се јавува како своевиден акумулатор на топлина ги намалува температурните амплитуди кои се јавуваат помеѓу денот и ноќта и помеѓу годишните времиња

-     варовниковата геолошка  подлога која климата ја прави потопла и посушна;

Секако овие фактори не дејствуваат подеднакво на целата територија на националниот парк. Има делови во кои влијанието на овие фактори е поголемо и климата во нив е нај умерена што придонело да се појават растителни видови типични за медитеранот. Од друга страна големата надморска височина и експозиција на некои падини прават климата да биде слична на алпската што условува присуство на алпски флорни елемeнти.