Во групата строго заштитени делови на паркот вклучени се предели и биотопи кои имаат универзално или национално значење односно се одликуваат со автентичност и природна состојба на растителните и животинските заедници, со нивната мала распространетост претставуваат типични и единствени појави и се одликуваат со особени природни убавини. Такви предели во паркот се:

-     Пределите на високо планинските тревни заедници на стара Галичица во кои ги среќаваме најзначајните геоморфолошки облици: раседен отсек, циркови, ували и највисокиот врв Магаро. Од растителниот свет на овој простор среќаваме ретки заедници кои се во изворна состојба богати со реликти и ендеми. Овој простор е живеалиште на ретки и загрозени видови птици како што се: златестиот орел, белиот и белоглавиот мршојадец и сивиот сокол.

-     Островот Голем Град кој има големо зоолошко значење бидејки на него се гнездат многу видови птици меѓу кои и некои многу ретки и загрозени видови како што се: белата чапја, пеликанот, пиштарката, големиот корморан и големата брегова ластовица.

-     Крајбрежните карпи и клифови на Охридското и Преспанското Езеро на кои живее и се развива посебен и ендемичен растителен и животински свет и кои заради големите пејсажни и естетски вредности се природни убавини од посебно значење за националниот парк.

-     Извориштето кај Св.Наум кое спаѓа во нај издашните во овој дел од Балканскиот полуостров е репрезентативен геоморфолошки и хидролошки објект кој се наоѓа во изворна состојба и се одликува со исклучителна пејсажна вредност.

-     Блатото кај село Стење кое е екосистем на ендемичен и специфичен терциерен свет на езерската фауна. Поради опѓањето на нивото на Преспанското Езеро блатото во моментов е скоро наполно исушено и ги има изгубено дел од вредностите.